Daha önceleri pek bilinmeyen bu kutsal alanda , 2000 yılında Aykut Özet başkanlığında Bodrum Müzesi çalışanları tarafından kazılar yapılmış ve ilk göze çarpan bu şapel yapısı temizlenmiş ve çevresindeki çeşitli yapılar ortaya çıkartılmıştır.
Bu yapı kuzey-batı, güney-doğu yönünde denize dönük olarak yapılmış, önünde bugün mevcut olmayan iki sütun olduğu anlaşılan templum in antis planlı küçük bir tapınak yapısı olarak inşa edilmiştir. Şapelin bir ön ve bir ana mekandan oluşan dikdörtgen planlı yaklaşık 12.m x 7 m.. boyutlarında harçlı taş bir yapı olduğu bilinmektedir. Bu yapıya ön cephesinde 3 basamaklı mermer merdivenlerle çıkılmaktadır. Ön cephede halen yerinde duran mermer levhalar göze çarpar. Batı cephesinin ortasında yer alan kapıdan ana mekana girilmektedir. Ön cephede kapı üzerinde iki faskialı bir arşitrav ve üstünde alt kısmı damlalıklı bir saçaklık bulunur. Bugün ortası kırık olan bu saçaklık üzerinde mermer hatıl ve onun da üzerinde yarım yuvarlak bir pencere görülebilmektedir.
Şapelin uzun yan duvarlarında duvarı sağlamlaştırmak için ikişer uzun destek payesi belli yüksekliğe kadar çıkmaktadır. Yapının üstü tonozla örtülmüştür ve doğu yönündeki arka cephede bir apsis bulunmaktadır. Yapının üstündeki tonozda bulunan yıkıntılar çalışmalar sırasında onarılmıştır.
Şapel yapısı iç mekanında güney uzun cephesine bitişik olarak 3.5m. uzunluğunda bir taş masa yer almaktadır. Bu masa olasılıkla daha geç döneme ait bir olmalıdır. Çünkü erken çağa ait taban mozaiği üzerine yapılmıştır. Her iki uzun duvarda beşer adet hatıl yeri daha geç dönemde tapınma yeri seviyesinin yükseltilerek hatıllarla yeni bir taban elde edilmesi için kullanılmıştır.. Apsis altında yine geç evrede bir krypta ( mezar odası) inşa edilerek içine gömü yapılmıştır. Bu kryptaya ortasında bir kapı bulunan iki basamaklı bir merdivenle çıkılmakta, tabanda üç ayrı döneme ait izler bulunmaktadır.
Şapelin ana tabanında yer alan mozaikler çok tahrip olmakla birlikte kalan kısımlarından genel bir fikir edinilmektedir. Bordür kısmı beyaz tesseralı (taş mozaik parçası) kimi yerde renkli rozet bezemelidir. Bu motif bir çizgi ile sınırlandırılmıştır. Devamında üçgen bezemeli bir su sırasını izleyen geniş sarmaşık yapraklı, üzüm salkımlı asma filizli bir kısım vardır. Bu bordürlerin köşelerinde kantharoslar (kulplu içki kadehi) içinden asma filizleri çıkar. İçte ise bir meander motifi ön ve arkaya dönen iki zikzak çizgi şeklinde yapılmıştır. Renkli, beyaz, siyah, kırmızı, kahverengi tesseralardan oluşan bu mozaik taban yapının ilk evresine ait olmalıdır. Tabanda halen bazı yerlerde ufak mozaik kalıntılarına rastlanılmaktadır. Yapının daha eski dönemlerini bilenler burada üzerinde yunus balıklarının bulunduğu mozaikler olduğunu da söylemektedirler.
İlk kez burada inceleme yapan İtalyan araştırmacı V. Ruggieri bu yapının bir Roma Çağı Mausoleion’u olarak yapıldığını MS.2.yy’a tarihlenebileceğini belirtmiştir. Ancak Erken Hrıstiyanlık döneminde çevresindeki diğer yapılarla birlikte dinsel amaçlı olarak kullanılmış ve iç mekanda değişiklikler yapılmıştır. Bu yapının yer aldığı yapılar topluluğunun MS. 4- 5 yy’ dan itibaren hrıstiyanlığı yaymak amaçlı olarak kullanılan merkezlerden biri olduğu anlaşılmaktadır.
Şapelin güney duvarına bitişik olarak son iki yüzyılda inşa edilen bir kireç ocağı çevredeki yapılara ait mermerlerin yakılarak kireç haline getirilmesine neden olmuştur.
